Ufo Baby merupakan suatu komik asal Jepang yang ditulis oleh seorang penulis yang bernama Mika Kawamura. Komik ini menceritakan tentang kisah hidup seorang gadis berambut pirang berumur 14 tahun yang masih duduk dibangku sekolah. Ia adalah Miyu Kozuki. Miyu dan keluarganya tinggal di Jepang. Miyu mempunyai orang tua yang keduanya memiliki profesi yang sangat berhubungan. Ibu Miyu yang bernama elakukan riset bagi sistem ruang angkasa), sedangkan ayah Miyu yang bernama Yū Kōzuki adalah seorang ilmuwan ruang angkasa.
Hingga pada suatu hari kedua orang tua Miu harus pergi ke Amerika Serikat untuk bekerja pada NASA dan tinggal dalam waktu yang cukup panjang. Akan tetapi Miyu ingin tetap tinggal di Jepang.
Karena kedua orang tua Miyu merasa sangat khawatir jika harus meninggalkan anak semata wayang mereka di rumah seorang diri, Hingga pada akhirnya mereka memutuskan untuk menitipkan Miyu pada teman lama mereka. Mereka adalah Keluarga Saionji.
Pak Hosho Saionji adalah teman lama dari kedua orang tua Miyu yang berprofesi sebagai biksu di kuil tua tempat ia tinggal. Pak Saionji tinggal bersama dengan seorang anak laki-lakinya yang bernama Kanata Saionji.
Kanata adalah anak laki-laki berumur 14 tahun, yang sangat tampan dan coll. Maka tidak heran Kanata menjadi cowok populer di kalangan gadis-gadis di sekolahnya. Kanata bersekolah di sekolah yang sama dengan Miyu.
Tidak lama setelah Miyu dititipkan dan tinggal di rumah keluarga Saionji, Pak Saionji kebetulan mendapat undangan untuk perjalanan keluar India selama setahun, dan meninggalkan Miyu bersama Kanata sehingga di rumah Saionji yang juga merupakan kuil, hanya tinggal mereka berdua, Kanata dan Miyu.
Hingga pada suatu malam sebuah UFO yang sangat misterius jatuh di depan kuil rumah keluarga Saionji. Jatuhnya UFO tersebut sangat menggemparkan Miyu dan Kanata. Dan setelah mereka lihat, ternyata didalam UFO tersebut terdapat seorang bayi yang bernama Ruu dan pelindungnya yang bernama Wannya. Ruu adalah seorang bayi yang ajaib karena kekuatannya. Salah satu kelebihannya adalah ia dapat bisa terbang dan menerbangkan sesuatu. Dan Wannya adalah makhluk penjaganya yang menyerupai kucing yang dapat berubah-ubah wujud untuk sementara waktu.
Karena UFO mereka rusak parah, maka Ruu dan Wannya tidak dapat pulang ke luar angkasa. Oleh karena itu Ruu dan Wannya tinggal untuk sementara bersama Miyu dan Kanata.
Karakter Miyu yang ceroboh, periang, dan manis, dan Kanata yang pintar, tampan, dan populer, ditambah dengan hadirnya Ruu yang menganggap Miyu dan Kanata sebagai orang tuanya, itu membuat kelucuan-kelucuan yang terjadi setiap harinya.