Sinopsis Komik 3x3 Eyes

Manga bercerita tentang Yakumo Fujii, 16 tahun, yang secara tidak sengaja bertemu dengan Pai, seorang Sanjiyan Unkara. Pai diutus oleh ayah Yakumo, Profesor Fujii untuk menemui Yakumo, agar membantu Pai meraih keinginannya. Setelah bertemu, Pai mengutarakan niatnya kepada Yakumo untuk kembali menjadi manusia, namun awalnya Yakumo tidak mempercayainya. Dalam satu insiden Yakumo kemudian terluka parah oleh cakaran Takuhi, makhluk gaib sahabat Pai yang berujud burung raksasa berkepala manusia, yang terlepas ke tengah kota. Pai yang tidak menginginkan Yakumo mati kemudian membuka mata ketiganya dan mengisap jiwa Yakumo. Karena kejadian itu maka Yakumo telah menjadi makhluk abadi yang disebut 'Wu'. Ia tidak akan mati selama Pai masih hidup dan memiliki tanda keabadian di dahinya. Yakumo kemudian bersumpah akan menemani Pai kemanapun untuk kembali menjadi manusia. Tetapi, karena kemampuan seorang Sanjiyan Unkara membuat para makhluk jahat ingin merebut kekuatannya, menyebabkan perjalanan Pai dan Yakumo sangatlah berat.

Para tokoh utama
Adalah orang Sanjiyan Unkara terakhir yang bertahan hidup, Pai ditemukan oleh ayah Yakumo di Tibet. Yuzo Takada terkadang menyebutnya sebagai peri tiga mata dari China, tetapi dia memakai pakaian tradisional Tibet. Kepribadiannya yang pertama bernama Pai, sifatnya seperti layaknya manusia biasa, periang dan seorang wanita yang naif cenderung polos. Kepribadian keduanya adalah Parvati IV, umumnya kepribadian yang ini muncul apabila Pai sedang dalam keadaan bahaya, tidak terlindungi, ataupun karena masalah emosional. Keberadaan Sanjiyan di Pai tidak dapat dihilangkan karena biasanya mata ketiga yang berada didahinya terbuka ketika Parvati terbangun. Tokoh yang lainnya secara umum memanggilnya Sanjiyan saat Parvati terbangun. Berbeda dengan Pai, Parvati menganggap Yakumo sebagai budaknya. Parvati sendiri merupakan nama istri Shiva dalam kepercayaan Hindu.

Yakumo Fujii (藤井 八雲 Fujii Yakumo)
Tokoh utama pria, dia menjadi teman perjalanan Pai dikarenakan Yakumo pernah hampir mati akibat ulah Takuhi. Pai yang tidak ingin Yakumo mati mengubah Yakumo menjadi Wu, dimana Yakumo tidak akan pernah bisa mati kecuali Pai juga mati.
Takuhi
Burung peliharaan Parvati yang menyebabkan Yakumo menjadi Wu.
Jake McDonald
Seorang pemburu harta karun yang mencari rahasa hidup abada yang dimiliki oleh para Sanjiyan

Haan Hazrat (ハズラット・ハーン Hazuratto Hān)
Pedagang sihir yang menjual berbagai jenis sihir, dia adalah manusia keturunan Pakistan dan menggunakan berbagai macam sihir untuk melindungi dirinya dari setan. Ia juga yang menjual beberapa makhluk magis pada Yakumo.

Youko Ayanokouji (綾小路 葉子 Ayanokōji Yōko), Houasyou (化蛇 Hōashio)
Setan ular yang disegel di dalam tubuh Pai.

Kaiyanwang (鬼眼王 Kaiyanwan), Shiva
Kaiyanwang adalah Sanjiyan paling kuat. Karena ambisinya yang besar, dia akhirnya melakukan perang dengan para Sanjiyan Unkara. Dia disegel oleh Parvati IV melalui pertempuran yang berat.
Benares (ベナレス Benaresu)