Cerita dimulai ketika tokoh utama Yoshimori Sumimura, anak berumur 9 tahun yang biasa-biasa saja. Tetapi dia sebenarnya pewaris generasi ke-22 dari para Kekkaishi. Kekkaishi adalah orang-orang yang bisa menciptakan kekkai atau pelindung berbentuk persegi, dan mengurung serta menghancurkan siluman yang terperangkap di dalamnya. Setiap malam, Yoshimori mencari dan membinasakan siluman ditemani anjing hantu bernama Madarao.
Selain keluarga Sumimura, adapula keluarga Yukimura yang juga Kekkaishi. Hubungan kakek Yoshimori dengan nenek Tokine kurang begitu baik. Dahulu, Kekkaishi digunakan untuk melindungi tuan tanah bernama Karasumori. Karena suatu hal, mereka akhirnya dihabisi oleh para siluman yang datang ke tanah milik mereka. Siluman-siluman itu tertarik dengan kekuatan spiritual yang dipancarkan tanah tersebut sehingga mereka mendatangi tanah itu untuk menjadi lebih kuat.
Dari keluarga Yukimura pewarisnya adalah Tokine Yukimura. Dia juga ditemani seekor anjing hantu bernama Hakubi yang genit. Kedua Kekkaishi ini berusaha melakukan tugasnya dengan baik. Suatu ketika Yoshimori lengah dan kewalahan melawan seekor siluman bercakar besar dan hampir terkena serangan. Beruntung Tokine datang, tetapi tangannya terluka dan dia sekarat. Sampai sekarang bekas lukanya masih membekas. Sejak saat itu, Yoshimori bertekad untuk menjadi Kekkaishi yang hebat agar Tokine tidak terluka lagi dan mampu menyegel kekuatan Karasumori untuk selamanya.
Semakin lama, masalah semakin rumit, ketika terungkap apa Karasumori itu sebenarnya. Belum lagi masalah kurang tidur yang dialami Yoshimori, masalah asmara dengan Tokine dan sebagainya.
Akhirnya Yoshimori bertemu dengan teman yang juga suruhan kakaknya, Masamori. Dia bernama Gen Shishio. Saat pertama kali bertemu, Shishio dan Yoshimori sering bertengkar. Tapi setelah beberapa lama akhirnya mereka pun dapat bekerjasama. Dan mereka pun harus menghadapi organisasi ayakashi bernama Kokubourou. Setelah itu mereka menghadapi ayakashi-ayakashi hebat dari sana. Akhirnya mereka berhasil melindungi Karasumori, namun Shishio gugur dalam pertarungan.
Setelah kematian Shishio, markas Yagyo pindah ke kediaman Sumimura untuk sementara. Yoshimori berjanji kepada teman Shishio yang bernama Sen Kagemiya bahwa akan membalaskan dendam Shishio. Saat melawan pasukan Kokubourou, Yoshimori menyerahkan diri kepada Shion yang menyamar menjadi Kaguro. Saat Byaku akan memasukkan serangganya kepada Yoshimori, Yoshimori mengeluarkan aura Zekkai. Saat itu Yoshimori ditolong oleh Matsudo Heisuke, teman kakek Shige yang disangka tewas.
Akhirnya Matsudo melawan Byaku dan Byaku kalah. Lalu Yoshimori menyelamatkan Kagemiya yang disekap di istana Kokubourou. Tokine yang melawan Koshu menang dengan mudah. Tiba saatnya Yoshimori melawan Kaguro. Yoshimori yang kewalahan, menang saat Kagemiya nyaris terkena tebasan pedang Kaguro dengan menciptakan Kekkai besar menyerupai Zekkai, yang kemudian diketahui itu adalah Shinkai. Perbedaan Shinkai dengan Zekkai adalah dari warna, serta pengguna Shinkai dapat menggunakannya untuk melindungi sesuatu maupun melenyapkan sesuatu, sedangkan Zekkai hanya dapat digunakan untuk melenyapkan sesuatu. Kagemiya yang terkurung di dalamnya tidak bisa apa-apa. Masamori menggunakan Zekkai untuk menembus Shinkai Yoshimori. Masamori kewalahan, bahkan Tokine pun turun tangan dengan kemampuan yang diajarkan nenek Toki. Akhirnya Tokine dapat menembus Shinkai Yoshimori dan berusaha menyadarkan Yoshimori yang sedang pingsan agar Shinkai menjadi lemah sehingga Masamori dapat menghancurkan Shinkai tersebut. Istana Kokubourou pun runtuh.
Setelah itu, Yoshimori meminta maaf karena kecerobohannya. Akhirnya markas Yagyo kembali ke tempatnya, hari-hari kembali seperti biasanya. Karasumori pun tetap dilindungi Yoshimori dan Tokine.
